Bazı durumlarda infertilite probleminin nedeni kadın veya erkekteki ya da her ikisinde de var olan doğumsal genetik problemler olabilmektedir. Ayrıca yine bazen çift infertil olmasa da taşıdıkları genetik kusurlar nedeni ile sağlıklı bebek elde edebilmeleri için tüp bebek ve embriyolara genetik analiz gerekebilir. Ayrıca yine tartışmalı olmakla birlikte tekrarlayan tüp bebek başarısızlığında da yine çift açısından PGD bir alternatif olabilir.

Bu yöntemde iki çeşit test ve biyopsi zamanlaması mümkündür; öncelikle biyopsi yapılacak test ve araştırma için 3 günlük ya da 5 günlük embriyolara yapılabilmektedir. Ayrıca FISH ve NGS olmak üzere taranacak bozukluk ile ilintili olarak iki değişik test de çifte önerilebilir. Bütün bunlara tedaviye başlamadan önce gerekli hazırlıklar yapılarak başlanır (bazı genetik bozuklukların taraması için genetik laboratuvarının önceden çiftten kan örneği alıp 1-2 ay sürebilen bir hazırlık yapması gerekebilir). Bazı özel hastalıklar cinsiyet kromozomuna bağlı olarak taşınabilmekte (hemofili gibi) ve bu nedenle embriyo cinsiyeti hastalık taraması için önem kazanabilmektedir. Ancak çiftin bilmesi gereken en önemli nokta tüp bebek işlemi sırasında embriyonun cinsiyeti dölleyen sperm ile ilintili olarak belirlenmektedir fakat bizim elimizde halen spermin taşıdığı genetik yükün erkek ya da kız olduğunu önceden bilip buna göre sperm seçimini yapabileceğimiz bir yöntem halen yoktur. Bu nedenle böyle bir işlem sonrası bütün embriyolar arzu edilmeyen cinsiyetten ya da sağlıksız çıkabilir.